Installation

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Linux Installation Instructions

CenTOS 6.x

I recommend installing Continuum’s free Anaconda distribution which will get you python2.7 and most of the required packages.

Then install the following python modules:
pip install yard scoop deap ordereddict croc 
Install MGLTools as instructed in the website. Create a symbolic link of pythonsh to be able to run the PyMOL AutoDock Vina Plugin:
sudo ln -s /home/thomas/Programs/MGLTools-1.5.6/bin/pythonsh /usr/local/bin/
Then download AutoDock Vina.
Download NNScore1 and NNScore2 and save them in a way that NNScore.py and NNScore2.01.py are in the same directory.
Download DSX standalone version.
Finally edit the following section in ConsScoreTK.py around line 99:

 #######################################################################################################################################  #######################################################################################################################################
       ## EDIT THE FOLLOWING PATHS
       self.VINA_HOME=”/home/thomas/Programs/autodock_vina_1_1_2_linux_x86″
       self.MGLTOOLS_HOME=”/home/thomas/Programs/MGLTools-1.5.6″
       self.NNSCORE_HOME=”/home/thomas/Programs/autodock_vina_1_1_2_linux_x86″
       self.DSX_EXE=”/home/thomas/Programs/dsx089_and_hotspotsx061_linux/RHEL_linux32/dsx_rhel_linux_32.lnx”
       self.DSX_POT_DIR=”/home/thomas/Programs/dsx089_and_hotspotsx061_linux/pdb_pot_0511″
       ## No need to modify the following line if you have SCHRODINGER environment variable correctly set!
       self.SCHRODINGER=os.getenv(‘SCHRODINGER’, “/home/thomas/Programs/schrodinger2014-1″)
#######################################################################################################################################
#######################################################################################################################################

 

 

 

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